해양생산시스템 연구실은 해양생산을 위한 수산생물, 어구, 어선, 어업기계 및 인간의 상호작용을 시스템적인 관점에서 해석하며, 어구시스템과 양식시스템의 해석을 위하여 컴퓨터를 기반으로 시스템을 설계 및 시뮬레이션하여 첨단 해양생산시스템의 개발을 연구하며, 또한, 지구온난화 문제를 해결하기 위하여 어업으로 인하여 발생되는 온실가스에 대한 정량적 분석 연구를 한다.